Untuk mendukung kegiatan akademik, Fakultas Syariah memiliki struktur organisasi berikut:
1. Senat Fakultas
2. Pimpinan Fakultas
a. Dekan
b. Wakil Dekan
3. Pimpinan Jurusan;
a. Ketua Jurusan
b. Sekretaris Jurusan
c. Staf Jurusan
4. Laboratorium Penunjang Akademik:
a. Laboratorium Pengembangan Kajian Syariah
b. Laboratorium Komputer dan Pengembangan IT
c. Laboratorium Konsultasi dan Bantuan Hukum
(1) Divisi Maliki Mediasi Center (M2C)
(2) Divisi Asosiasi Pengacara Syariah Indonesia (APSI)
(3) Divisi Biro Konsultasi Keluarga Sakinah (BK2S)
(4) Divisi Lembaga Konsultasi Bantuan Hukum (LKBH)
(5) Divisi Praktik dan Pelatihan Kemahiran Hukum
d. Laboratorium Multimedia dan Studi Islam
e. Laboratorium Pengembangan Kelas Internasional
f. Laboratorium Turats dan Tahfidz
g. Laboratorium Falak
h. Laboratorium Penjaminan Mutu
5. Organisasi Profesi dan Alumni;
a. Malaysia Indonesia Law School Network (MALINDO LSN)
b. Himpunan Ilmuwan dan Sarjana Syariah Indonesia (HISSI)
c. Asosiasi Dosen Syariah Indonesia (ADSI)
d. Ikatan Alumni Fakultas Syariah (IKAFASYA)
6. Bagian Tenaga Kependidikan dan Tata Usaha:
a. Sub Bagian Perencanaan dan Akutansi
b. Sub Bagian Akademik dan Kemahasiswaan